L'agro-industrie marocaine est dominée par la fabrication du tabac, via la Régie des tabacs, dont le chiffre d'affaires approche le milliard de dollars. Loin derrière, les petites et moyennes entreprises qui exploitent les ressources de la mer ont néanmoins su s'imposer comme une valeur forte, notamment en matière d'exportations. Avec 3 500 kilomètres de côtes réputées poissonneuses, le royaume chérifien est en effet doté de sérieux atouts, qui lui ont permis d'être aujourd'hui le premier pays producteur de poissons en Afrique. Le secteur représente 2,5 % du PIB, emploie 450 000 personnes et réalise plus de la moitié des exportations alimentaires marocaines.

L'industrie de la transformation s'est développée parallèlement à l'augmentation des prises, au point que les poissons congelés, mis en conserve ou transformés en farine ou en huile représentent 12 % des exportations nationales. Un succès largement dû à la réussite du pays dans un domaine spécifique, celui de la sardine, du type le plus courant (Sardina pilchardus), dont le pays est devenu le premier exportateur mondial, au point que même les portes du marché brésilien viennent de lui être ouvertes. Débarquées essentiellement dans les ports de Laâyoune, Tan Tan et Agadir, plus des deux tiers des captures côtières sont achetées par l'industrie, la consommation locale étant plutôt faible.

Selon une étude de la mission économique française de Rabat, l'industrie de la transformation des produits de la mer compterait entre 250 et 300 unités, les activités de frais et de conserverie étant les plus importantes. Ce dernier secteur compte 32 usines en activité, emploie 3 000 permanents et 20 000 saisonniers pour un chiffre d'affaires total à l'export de 190 millions d'euros par an. Sur les dix dernières années, le tonnage de conserves exportées a quasiment triplé. Le Maroc vend notamment chaque année pour 150 millions d'euros de conserves de sardines, dans plus de cent pays à travers le monde. Certaines entreprises du secteur, à l'instar de LGMC, Aveiro, Consernor ou Blema, se sont imposées comme des poids lourds de la spécialité.

Pourtant, malgré l'ancienneté d'un secteur dont les origines remontent à la première moitié du XXe siècle, un vent de fronde s'est levé récemment, les industriels protestant contre le manque de vision industrielle de l'État et contre les ruptures dans l'approvisionnement en matières premières. Les patrons de conserveries ne se plaignent pas tant des quantités que du manque de qualité dû au transport et à la conservation sur les bateaux, ainsi qu'à l'irrégularité des arrivages qui paralyse parfois certaines usines. Un des problèmes principaux auquel est confrontée la profession est la mise à niveau du secteur. Autant les infrastructures portuaires que les bateaux sont jugés particulièrement vétustes et indignes d'un acteur important du commerce mondial de poisson. Le gouvernement entend mettre en place un vaste plan de modernisation, mais devra pour cela trouver des fonds à la hauteur des espérances. Le récent accord de pêche passé avec l'Union européenne, qui définit les zones dans lesquelles les armements européens peuvent opérer au large du royaume chérifien, va dans ce sens. Signé en juillet 2005, le texte entré en vigueur en mars 2006 pour une durée de quatre ans, permet à 120 bateaux de pêche artisanale européens d'exploiter toutes les espèces, sauf les crevettes et les céphalopodes, moyennant une contrepartie financière de 36 millions d'euros. Des sommes qui devraient être consacrées au financement du plan de restructuration de la filière de la pêche marocaine.